Bei älteren MySQL-Versionen (vor Version 4.1) wurden nur verschachtelte Abfragen der Formen INSERT ... SELECT ... und REPLACE ... SELECT ... unterstützt. Zwar trifft dies bei MySQL 5.1 nicht mehr zu, aber nach wie vor werden gelegentlich andere Möglichkeiten eingesetzt, um auf Mitgliedschaft in einer Wertemenge zu prüfen. Außerdem ist es unter bestimmten Umständen nicht nur möglich, eine Abfrage ohne Unterabfrage zu schreiben, sondern es kann auch effizienter sein, einige der folgenden Methoden zu verwenden, statt Unterabfragen einzusetzen. Eine dieser Methode ist das Konstrukt IN():

Betrachten Sie etwa folgende Abfrage:

SELECT * FROM t1 WHERE id IN (SELECT id FROM t2);

Sie kann wie folgt umgeschrieben werden:

SELECT DISTINCT t1.* FROM t1, t2 WHERE t1.id=t2.id;

Ein anderes Beispiel sind folgende Abfragen:

SELECT * FROM t1 WHERE id NOT IN (SELECT id FROM t2);
SELECT * FROM t1 WHERE NOT EXISTS (SELECT id FROM t2 WHERE t1.id=t2.id);

Auch sie lassen sich mithilfe von IN() umschreiben:

SELECT table1.* FROM table1 LEFT JOIN table2 ON table1.id=table2.id
WHERE table2.id IS NULL;

Ein LEFT [OUTER] JOIN kann schneller sein als die äquivalente Unterabfrage, weil der Server unter Umständen in der Lage ist, ihn besser zu optimieren – eine Tatsache, die nicht nur für den MySQL Server gilt. Vor SQL-92 waren äußere Joins nicht vorhanden, d. h., Unterabfragen stellten für bestimmte Aufgaben die einzige Lösung dar. Heute bieten MySQL Server und viele andere moderne Datenbanksysteme eine Vielzahl von Typen für äußere Joins.

MySQL Server unterstützt DELETE-Anweisungen über mehrere Tabellen, die zur effizienten gleichzeitigen Löschung von Datensätzen basierend auf Daten in einer Tabelle (oder sogar mehreren Tabellen) benutzt werden. Auch UPDATE-Anweisungen über mehrere Tabellen werden unterstützt.