En Windows, las preferencias de conexiones son almacenadas en el directorio C:\Documents and Settings\Usuario\Application Data\MySQL, donde Usuario es el usuario de actual de windows. En Linux, los archivos son almacenados en el directorio ~/.mysqlgui. Las configuraciones son almacenadas en un archivo llamado mysqlx_user_connections.xml. El contenido de este archivo se ve asi:

   <?xml version="1.0"?>
   <user_connections>
    <last_connection>1</last_connection>
    <password_storage_type>2</password_storage_type>
    <user_connection>
     <connection_name></connection_name>
     <username>root</username>
     <hostname>localhost</hostname>
     <port>3306</port>
     <schema></schema>
     <advanced_options/>
     <storage_path></storage_path>
     <notes></notes>
     <connection_type>0</connection_type>
     <storage_type>2</storage_type>
     <password></password>
    </user_connection>
    ...
  

Usted puede manualmente editar el archivo, pero tenga cuidado de no invalidar el XML. Cuando aplique cambios por la edicion y guarde el archivo, esos cambios se mostrarán la proxima vez que abra la seccion de Opciones de Dialogo de la opcion Conexiones. Usted no necesita reiniciar su aplicacion para que los cambios surtan efecto.

Como un aministrador de base de datos, usted tambien pudiera editar el archivo acorde a sus preferecias, y entonces copiarlo en otra maquina donde tenga instaladas las aplicaciones GUI MySQL. Esto hace de una manera fácil el tener preferencias de conexiones idénticas en todas las máquinas, sin tener que configurar esas preferencias individualmente. Todos los archivos de configuracion XML para las herramientas GUI de MySQL son compatibles con cualquier plataforma y pueden ser transferidos de maquinas Windows y Linux.