Στα Windows Τα προφίλ των συνδέσεων αποθηκεύονται στον κατάλογο C:\Documents and Settings\UserName\Application Data\MySQL όπου UserName είναι το όνομα του τρέχοντος Windows χρήστη. Στο Linux, τα αρχειά αποθηκεύονται στον κατάλογο ~/.mysqlgui. Οι ρυθμίσεις αποθηκεύονται στο αρχείο με την ονομασία mysqlx_user_connections.xml. Το περιεχόμενο του αρχείου έχει ως εξής:

   <?xml version="1.0"?>
   <user_connections>
    <last_connection>1</last_connection>
    <password_storage_type>2</password_storage_type>
    <user_connection>
     <connection_name></connection_name>
     <username>root</username>
     <hostname>localhost</hostname>
     <port>3306</port>
     <schema></schema>
     <advanced_options/>
     <storage_path></storage_path>
     <notes></notes>
     <connection_type>0</connection_type>
     <storage_type>2</storage_type>
     <password></password>
    </user_connection>
    ...
  

Μπορείτε να επέμβετε στο αρχείο χειροκίνητα, αλλά προσέξτε να μην "χαλάσετε" την σύνταξη της XML. Όταν αλλάζετε το περιεχόμενο και σώζετε το αρχείο, οι αλλαγές θα εμφανιστούν την επόμενη φορά που θα ανοίξετε τον τομέα Connections του παραθύρου διαλόγου επιλογών. Για να εφαρμοστούν ο αλλαγές, δεν χρειάζεται επανεκκίνηση της εφαρμογής.

Ως διαχειριστής μιας βάσης δεδομένων, μπορείτε να επεμβείτε στο αρχείο ανάλογα με τις προτιμήσεις σας και στην συνέχεια να το αντιγράψετε σε οποιοδήποτε άλλο μηχάνημα, το οποίο τρέχει τα γραφικά εργαλεία της MySQL. Αυτό διευκολύνει την εφαρμογή ίδιων προφίλ σύνδεσης σε όλα τα μηχανήματα, δίχως να χρειάζεται να ρυθμίσετε τα προφίλ αυτά ξεχωριστά. Όλα τα XML αρχεία ρυθμίσεων για τα γραφικά εργαλεία της MySQL είναι μεταφέρσιμα και μπορούν να χρησιμοποιηθούν τόσο σε μηχανήματα με Windows όσο και σε μηχανήματα με Linux.