Οι επιλογές εμφάνισης επηρεάζουν την εμφάνιση του MySQL Query Browser.

Εμφάνιση γραμμών εργαλείων ειδικών επιλογών εμφανίζει και αποκρύπτει την Γραμμή Εργαλείων Ειδικών Επιλογών.

Απόκρυψη καρτέλας με μία μόνο σελίδα ανοικτή καθορίζει το κατά πόσο θα εμφανίζεται το γραφικό, το οποίο υποδεικνύει την ύπαρξη καρτέλας, στο πάνω μέρος της Περιοχής των Αποτελεσμάτων, όταν υπάρχει μία μόνο ενεργή σύνολο αποτελεσμάτων.

Οι γραμμές εργαλείων έχουν gradient φόντο ενεργοποιεί και απενεργοποιεί την χρήση του εφέ χρωματικής διαβάθμισης (gradient) στο φόντο της Γραμμής Εργαλείων των Αιτημάτων.

Εμφάνιση εικονιδίων διαχείρισης πεδίων BLOB εμφανίζει και εξαφανίζει τα εικονίδια διαχείρισης των BLOB αντικειμένων.