Das Binärlogformat, wie es in MySQL 5.1 implementiert ist, unterscheidet sich erheblich von dem vorheriger Versionen. Dies gilt insbesondere für den Umgang mit Zeichensätzen, LOAD DATA INFILE und Zeitzonen.

Wir empfehlen die Verwendung der jeweils aktuellen MySQL-Version, weil die Replikationsfunktionen kontinuierlich verbessert werden. Ferner empfehlen wir die Verwendung derselben Version auf Master und Slave. Empfohlen wird außerdem die Aktualisierung von Mastern und Slaves, die unter Alpha- oder Betaversionen laufen, auf neue (Produktions-)Versionen. In vielen Fällen schlägt die Replikation von einem neueren Master auf einen älteren Slave fehl. Generell können Slaves, die unter MySQL 5.1.x laufen, mit älteren Mastern (sogar solchen unter MySQL 3.23, 4.0 oder 4.1) verwendet werden, nicht jedoch umgekehrt.

Hinweis: Sie dürfen keinesfalls eine Replikation von einem Master, der ein neueres Binärlogformat aufweist, auf einen Slave durchführen, der ein älteres Format benutzt (z. B. von MySQL 5.0 auf MySQL 4.1). Dies hat gravierende Auswirkungen auf die Aktualisierung von Replikationsservern (siehe auch Abschnitt 6.7, „Upgrade eines Replikationssetups“).

Diese Angaben beziehen sich auf die Replikationskompatibilität auf Protokollebene. Es gibt weitere Einschränkungen, z. B. bei Fragen der Kompatibilität auf SQL-Ebene. So kann etwa ein Master unter 5.1 keine Replikation auf einen Slave unter 5.0 durchführen, wenn die replizierten Anweisungen SQL-Funktionen verwenden, die zwar in 5.1, nicht aber in 5.0 vorhanden sind. Diese und andere Probleme werden in Abschnitt 6.8, „Replikation: Features und bekannte Probleme“, behandelt.