Si es necesario especificarle opciones al servidor durante su inicio, esto puede hacerse desde la línea de comandos o bien colocando las opciones en un fichero de opciones. Aquellas opciones que se usarán cada vez que se inicie el servidor, es conveniente colocarlas en un fichero. Esto es especialmente cierto en las siguiente circunstancias:

Cuando el servidor MySQL para Windows se inicia, busca opciones en dos ficheros: en my.ini en el directorio de Windows, y en C:\my.cnf. El directorio de Windows generalmente es C:\WINDOWS o C:\WINNT. Se puede verificar el valor exacto consultando la variable de entorno WINDIR por medio del siguiente comando:

C:\> echo %WINDIR%

MySQL buscará opciones primero en el fichero my.ini y luego en my.cnf. Sin embargo, para evitar confusiones, es mejor emplear un solo fichero. Si el ordenador utiliza un gestor de arranque donde C: no es la unidad de inicio, la única opción será my.ini. Cualquiera que sea el fichero de opciones empleado, deberá estar en texto plano.

Otra posibilidad es utilizar como base los ficheros de opciones incluidos como ejemplo en la distribución de MySQL. Éstos se encuentran en el directorio de instalación y tienen nombres como my-small.cnf, my-medium.cnf, my-large.cnf, y my-huge.cnf. Para utilizarlos como base de la configuración basta renombrarlos y copiarlos en la ubicación apropiada.

Un fichero de opciones puede crearse y modificarse con cualquier editor de textos, como el Bloc de Notas o Notepad. Por ejemplo, si MySQL está instalado en E:\mysql y el directorio de datos es E:\mydata\data, se puede crear un fichero de opciones que contenga una sección [mysqld] para especificar los valores que tendrán los parámetros basedir y datadir:

[mysqld]
# coloca en basedir el directorio de instalación
basedir=E:/mysql
# coloca en datadir el directorio de datos
datadir=E:/mydata/data

Debe tenerse en cuenta que las rutas de directorio, aun en Windows, deben escribirse en los ficheros de opciones con barras invertidas (/) en lugar de las habituales. Si se desea emplear estas últimas, deben colocarse en forma doble:

[mysqld]
# coloca en basedir el directorio de instalación
basedir=E:\\mysql
# coloca en datadir el directorio de datos
datadir=E:\\mydata\\data

En Windows, el instalador de MySQL coloca el directorio de datos directamente bajo el directorio donde se instala MySQL. Si se deseara tener el directorio de datos en una ubicación diferente, se debería copiar el contenido completo del directorio data en la nueva ubicación. Por ejemplo, si MySQL se instala en C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.0, el directorio de datos estará por defecto en C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.0\data. Si se quiere que el directorio de datos sea E:\mydata deben hacerse dos cosas: