Existem programas que lhe permite autenticar seus usuários a partir de um banco de dados MySQL e também permite gravar seus arquivos de log em uma tabela MySQL.

Você pode alterar o formato de log do Apache para ser facilmente lido pelo MySQL colocando o seguinte no arquivo de configuração do Apache:

LogFormat \
        "\"%h\",%{%Y%m%d%H%M%S}t,%>s,\"%b\",\"%{Content-Type}o\",  \
        \"%U\",\"%{Referer}i\",\"%{User-Agent}i\""

Para carregar uma arquivo de log naquele formato dentro do MySQL, você pode usar uma instrução deste tipo:

LOAD DATA INFILE '/local/access_log' INTO TABLE nome_tabela
FIELDS TERMINATED BY ',' OPTIONALLY ENCLOSED BY '"' ESCAPED BY '\\'

A tabela chamada deve ser criada para ter colunas que correpondem a aquelas que a linha LogFormat gravam no arquivo de log.