Ο τομέας Επιλογές Αποθήκευσης χρησιμεύει στον ορισμό της τοποθεσίας αποθήκευσης του πίνακα και των αρχείων δεδομένων. Η επιλογή αυτή μπορεί να συμβάλλει στην βελτίωση της ακεραιότητας των δεδομένων και της απόδοσης του εξυπηρετητή, τοποθετώντας διαφορετικούς πίνακες σε διαφορετικούς σκληρούς δίσκους.

Αυτή η επιλογή είναι διαθέσιμη μόνο για MyISAM πίνακες και δεν είναι διαθέσιμη για εξυπηρετητές, οι οποίοι τρέχουν σε λειτουργικό σύστημα Windows.