MySQL プログラムをコマンド ライン（シェル、またはコマンド プロンプトから）から呼び出すには、そのプログラムに実行したい内容を命令するためのオプション、または引数を含むプログラム名を入力します。下に表示されているコマンドはプログラム実施のサンプルです。ここでの 「shell>」 はコマンドインタープリタへのプロンプトを表していて、ユーザによって入力されたものではありません。このプロンプトは使用されるコマンドインタープリタによって異なります。多く見られるものとしては、sh または bashとして　$、csh または tcsh として %、そして Windows の　command.com または cmd.exe コマンドインタープリタとしてC:\> が挙げられます。

shell> mysql -u root test
shell> mysqladmin extended-status variables
shell> mysqlshow --help
shell> mysqldump --user=root personnel

シングル、またはダブルダッシュ　(‘-’、‘--’) で始まる引数はオプション引数です。これらは一般的にプログラムがサーバに対してとるべき接続タイプを特定するか、その作動モードに影響を与えます。オプション構文については 項3.3. 「プログラム･オプションの指定」 で述べられています。

ノンオプション引数（ダッシュを伴わない引数）はプログラムに追加の情報を提供します。例えば mysql は最初のノンオプション引数をデータベース名に変換し、これによってコマンド mysql -u root test が　test データベースの使用が要求されていることを指示します。

個々のプログラムについてより詳しい解説がなされている後半のセクションでは、どのオプションがプログラムによって認知されるかが明らかにされ、そして追加のノンオプション引数についても説明がされています。

オプションのうちのいくつかは多くのプログラムに共通しているものです。そのうちの最も多くは、 --host (または -h)、--user (または -u)、そして --password (または -p) オプションで、コネクションパラメータを特定します。これらは MySQL サーバが作動しているホスト、そして MySQL アカウントのユーザネームとパスワードを表示します。これらのオプションは全ての MySQL クライアント･プログラムによって認知されます。これによって初めて、どのサーバに接続するか、そしてサーバの使用に必要なアカウントが特定されます。

その他の接続オプションとしては、TCP/IP ポート番号を特定する --port (または -P)、そして Unix 上（Windows ではパイプ名と呼ばれる）で Unix ソケットファイルを特定する --socket (または -S) があります。

初期設定時のホスト名は localhost　です。Unix 上でのクライアントプログラムには、このホストネーム localhost は特別な意味を持っています。これによってクライアントがUnixソケットファイルを通し MySQL サーバに接続することができるようになります。これはまた、--port もしくは -P オプションがポート番号を特定するために与えられたとしても実行されます。クライアントによって TCP/IP 接続をローカルサーバに確実に行わせるためには、ホスト名、もしくは IP アドレス、ローカルサーバ名のいずれかを 127.0.0.1　に指定するために　--host または -h を使用します。--protocol=tcp オプションを使用することによって、localhost に対してもまた、プロトコル接続をさらに明確に指定することができます。

プログラムがインストールされている bin ディレクトリへのパスネームを使って MySQL を起動させることが必要とされることもあります。この場合は、bin ディレクトリ以外の辞書を使用して MySQL の起動を試み、「program not found」 というエラーが表示された可能性があります。MySQL をさらに実用的に使用できるように bin ディレクトリへのパスネームを PATH 環境変数セッティングに加えることも可能です。こうすることによってプログラムを、パスネームではなくプログラム名を入力するだけで実行することが出来るようになります。例えば /usr/local/mysql/bin に mysqlがインストールされている場合、mysqlとしてプログラムを実行することが可能で、/usr/local/mysql/bin/mysql として呼び出す必要はありません。

PATHを変数にセッティングするの際の手順におけるコマンドインタープリタについては、使用説明を参照してください。環境変数セッティングの構文は各インタープリタごとに特有となっています。(これに関する説明は 項3.3.3. 「オプション指定のための環境変数の使用」で述べられています)