Comme InnoDB est une base de donnes multi-versionnée, elle doit conserver des informations des vieilles versions des lignes dans l'espace de tables. Cette information est stockée dans la structure de données que nous appelons un segment d'annulation, d'après la structure similaire d'Oracle.

En interne, InnoDB ajoute deux champs à chaque ligne stockée dans la base. Un champ de 6 octets note l'identifiant de la dernière transaction qui a inséré ou modifier la ligne. De plus, un effacement est traité en interne comme une modification, où un bit spécial dans la ligne sert à marquer la ligne comme effacée. Chaque ligne contient aussi une colonne de 7 octets appelé un pointeur d'annulation. Ce pointeur fait référence à une ligne dans un fichier d'annulation qui contient les informations nécessaires pour reconstruire le contenu de la ligne qui a été modifiée.

InnoDB utilise les informations dans le segment d'annulation pour effectuer les opérations d'annulation nécessaires dans une annulation de transaction. Il utilise aussi ces informations pour reconstruire les anciennes versions d'une ligne lors d'une lecture cohérente.

Le log d'annulation dans le segment d'annulation est divisé entre les insertions et les modifications. Le log d'insertion n'est nécessaire que lors des annulations de transactions, et peut être vidé dès que la requête est validée. Le log de modification est utilisé lors des lectures cohérentes, et les informations y sont supprimées une fois que toutes les transactions qui font une lecture cohérente sont terminées.

Vous devez vous rappeler que valider vos transactions régulièrement, même ces transactions qui ne font que des lectures cohérentes. Sinon, InnoDB ne peut pas vider le log de modification, et le segment d'annulation va grossir énormément.

La taille physique d'une ligne du log d'annulation dans le segment d'annulation est typiquement plus petite que la ligne correspondante insérée ou modifiée. Vous pouvez utiliser ces informations pour calculer l'espace nécessaire à vos segments d'annulation.

Dans nos schémas de multi-versionnage, une ligne n'est pas physiquement supprimée de la table immédiatement lorsque vous l'effacez avec une requête SQL. Uniquement lorsque InnoDB va supprimer les lignes du log de modification, il vaut aussi supprimer physiquement la ligne, et les index. Cette opération d'effacement est appelée une purge, et elle est plutôt rapide, et aussi rapide que la requête SQL elle-même.