当初は、高速で低レベルな独自の（ISAM）ルーチンを使用してテーブルに接続するために mSQL を使用するつもりでした。しかし、いくつかのテストを行った結果、mSQL はそれほど高速でも柔軟でもないため、ニーズに合わないという結論に至りました。これが要因となって、私たちのデータベースへの新しい SQL インタフェースを開発することになりました。ただし、mSQL とほとんど同じ API インタフェースを使用することにしました。この API を選択したのは、mSQL で使用するために記述されたサードパーティのコードを MySQL で使用するために簡単に移植できるようにするためです。

MySQL という名前の由来は明らかではありません。当社の基本ディレクトリおよび多数のライブラリやツールには、10 年以上にわたって ``my'' というプリフィックスが使われています。また、共同創設者 Monty Widenius の娘の名前も My です。そのため、このうちのどちらが MySQL の名前の由来となったのかは、私たちにとってもいまだに謎なのです。

MySQL のイルカ（当社のロゴ）の名前は Sakila です。Sakila は、当社の「イルカのネーミング」コンテストで、ユーザによって提案された膨大な数の名前の中から MySQL AB の創設者が選んだものです。この名前を提案したのは、アフリカのスワジランド出身の Ambrose Twebaze というオープンソースソフトウェアの開発者でした。Ambrose によると、Sakila という名前は、スワジランドの現地語であるシスワティ語にルーツがあるということです。また、Sakila は、Ambrose の出生国であるウガンダに近い、タンザニアのアルーシャにある町の名前でもあります。